COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 21.410895 21.410895 20.607005
2021-03-20 17:00:00 20.398346 20.398346 20.595502
2021-03-19 17:00:00 21.939284 21.939284 20.679973
2021-03-18 17:00:00 20.691229 20.691229 20.646788
2021-03-17 17:00:00 19.589836 19.589836 20.550993
2021-03-16 17:00:00 18.734614 18.734614 20.434216
2021-03-15 17:00:00 25.538642 20.707289 20.361275

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 18.318630 18.318630 18.638237
2021-03-20 17:00:00 21.867612 21.867612 18.193363
2021-03-19 17:00:00 21.764092 21.764092 18.435903
2021-03-18 17:00:00 16.733068 23.975091 18.359899
2021-03-17 17:00:00 15.004936 15.004936 17.883409
2021-03-16 17:00:00 11.440907 11.440907 17.441351
2021-03-15 17:00:00 19.375736 19.375736 16.994801

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 19.459459 19.459459 20.533037
2021-03-20 17:00:00 23.407643 23.407643 20.519955
2021-03-19 17:00:00 16.315049 16.315049 20.195219
2021-03-18 17:00:00 25.942029 25.942029 19.831154
2021-03-17 17:00:00 17.573222 17.573222 19.425129
2021-03-16 17:00:00 17.510549 17.510549 19.009941
2021-03-15 17:00:00 15.914489 31.235154 18.587011

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 16.043614 16.043614 12.993578
2021-03-20 17:00:00 12.717883 12.717883 12.815531
2021-03-19 17:00:00 15.228838 15.228838 12.678449
2021-03-18 17:00:00 13.439787 13.439787 12.603063
2021-03-17 17:00:00 7.387141 7.387141 12.445605
2021-03-16 17:00:00 11.811622 11.811622 12.155755
2021-03-15 17:00:00 12.971985 12.971985 11.706151

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 15.847999 15.847999 15.799893
2021-03-20 17:00:00 16.241402 16.241402 15.997449
2021-03-19 17:00:00 12.898850 12.898850 16.399908
2021-03-18 17:00:00 13.696014 13.696014 16.585743
2021-03-17 17:00:00 20.120800 20.120800 16.888183
2021-03-16 17:00:00 18.226736 18.226736 17.172169
2021-03-15 17:00:00 25.372303 13.247102 17.403114

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 48.170012 48.170012 44.761720
2021-03-20 17:00:00 42.838019 42.838019 44.283089
2021-03-19 17:00:00 53.071417 53.071417 44.258155
2021-03-18 17:00:00 39.553055 39.553055 43.925666
2021-03-17 17:00:00 32.916328 32.916328 43.116211
2021-03-16 17:00:00 45.179975 45.179975 42.840208
2021-03-15 17:00:00 69.031311 69.031311 42.464016

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 20.554765 20.554765 21.742194
2021-03-20 17:00:00 21.282593 21.282593 21.826335
2021-03-19 17:00:00 21.885522 21.885522 21.743247
2021-03-18 17:00:00 24.338624 24.338624 21.739661
2021-03-17 17:00:00 20.836855 20.836855 21.767806
2021-03-16 17:00:00 22.414943 22.414943 21.793107
2021-03-15 17:00:00 25.945241 22.393530 21.844557

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 9.871717 8.432488 8.261376
2021-03-20 17:00:00 8.604640 8.604640 8.253407
2021-03-19 17:00:00 10.769837 8.872317 8.212510
2021-03-18 17:00:00 9.064044 9.064044 8.164665
2021-03-17 17:00:00 7.765943 7.765943 8.099947
2021-03-16 17:00:00 7.007443 7.007443 8.030694
2021-03-15 17:00:00 15.430983 7.158670 7.888626

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 17.949929 14.126394 12.488048
2021-03-20 17:00:00 16.630356 11.764706 12.363468
2021-03-19 17:00:00 15.288221 15.288221 12.391673
2021-03-18 17:00:00 11.452810 11.452810 12.378799
2021-03-17 17:00:00 11.358811 11.358811 12.315252
2021-03-16 17:00:00 13.061691 13.061691 12.178550
2021-03-15 17:00:00 18.701700 8.991269 11.977922

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 31.689360 31.689360 34.033139
2021-03-20 17:00:00 31.765949 31.765949 34.464520
2021-03-19 17:00:00 31.672598 31.672598 34.942580
2021-03-18 17:00:00 33.030800 33.030800 35.222526
2021-03-17 17:00:00 32.990448 32.990448 35.380716
2021-03-16 17:00:00 37.497786 37.497786 35.604241
2021-03-15 17:00:00 29.972565 61.124829 35.598775

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 24.196336 24.196336 22.066100
2021-03-20 17:00:00 22.181912 22.181912 21.932873
2021-03-19 17:00:00 23.736645 23.736645 21.938497
2021-03-18 17:00:00 23.475522 23.475522 21.806980
2021-03-17 17:00:00 18.476149 23.774476 21.549720
2021-03-16 17:00:00 15.549677 15.549677 20.937671
2021-03-15 17:00:00 33.173461 22.802389 20.733440

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 8.131241 8.131241 7.709392
2021-03-20 17:00:00 8.136483 8.136483 7.967519
2021-03-19 17:00:00 8.023483 8.023483 7.955681
2021-03-18 17:00:00 14.310954 14.310954 8.119627
2021-03-17 17:00:00 7.519531 7.519531 8.245074
2021-03-16 17:00:00 3.564356 3.564356 8.233655
2021-03-15 17:00:00 10.493827 2.433787 8.291935

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 43.930636 43.930636 52.748941
2021-03-20 17:00:00 46.215139 46.215139 53.472833
2021-03-19 17:00:00 59.905660 59.905660 53.878215
2021-03-18 17:00:00 53.054662 53.054662 54.891759
2021-03-17 17:00:00 45.533141 45.533141 55.168080
2021-03-16 17:00:00 67.829457 67.829457 56.427825
2021-03-15 17:00:00 22.413793 59.921415 57.078156

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 51.839465 51.839465 61.980298
2021-03-20 17:00:00 67.770419 67.770419 62.475593
2021-03-19 17:00:00 57.954545 57.954545 62.915334
2021-03-18 17:00:00 72.112676 72.112676 63.669177
2021-03-17 17:00:00 75.197889 75.197889 64.008642
2021-03-16 17:00:00 40.860215 40.860215 63.459799
2021-03-15 17:00:00 28.260870 71.875000 64.708646

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 28.923026 28.923026 24.163197
2021-03-20 17:00:00 22.646499 22.646499 23.748497
2021-03-19 17:00:00 28.270918 28.270918 23.819143
2021-03-18 17:00:00 25.658611 25.658611 23.580920
2021-03-17 17:00:00 24.038072 24.038072 23.379812
2021-03-16 17:00:00 19.542071 19.542071 23.053182
2021-03-15 17:00:00 37.174563 18.023797 22.494235

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 48.342714 48.342714 31.939604
2021-03-20 17:00:00 36.620499 36.620499 31.370680
2021-03-19 17:00:00 28.141258 28.141258 30.848280
2021-03-18 17:00:00 40.107879 40.107879 30.379294
2021-03-17 17:00:00 24.053267 24.053267 29.674122
2021-03-16 17:00:00 18.383673 26.677551 28.963053
2021-03-15 17:00:00 24.791956 27.667472 28.981079

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 7.625650 4.766031 4.913219
2021-03-20 17:00:00 4.206186 4.206186 4.906534
2021-03-19 17:00:00 6.027890 6.027890 4.876031
2021-03-18 17:00:00 6.859410 6.859410 4.918804
2021-03-17 17:00:00 4.435873 4.435873 4.841133
2021-03-16 17:00:00 3.451289 3.451289 4.803555
2021-03-15 17:00:00 7.177498 3.564547 4.722849

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 13.904913 13.904913 13.571354
2021-03-20 17:00:00 13.813814 13.813814 13.500175
2021-03-19 17:00:00 14.633731 14.633731 13.437368
2021-03-18 17:00:00 13.402412 13.402412 13.406272
2021-03-17 17:00:00 13.344710 13.344710 13.378409
2021-03-16 17:00:00 12.552477 12.552477 13.352599
2021-03-15 17:00:00 11.451719 11.451719 13.286565

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 13.677107 13.677107 12.312570
2021-03-20 17:00:00 13.582801 11.927678 12.222623
2021-03-19 17:00:00 12.280702 12.280702 12.114818
2021-03-18 17:00:00 13.200140 11.385448 11.941818
2021-03-17 17:00:00 12.284420 12.284420 11.784606
2021-03-16 17:00:00 13.289993 13.289993 11.655015
2021-03-15 17:00:00 17.494464 11.721842 11.502784

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 23.089431 23.089431 22.970771
2021-03-20 17:00:00 28.730823 28.730823 22.938491
2021-03-19 17:00:00 19.782609 19.782609 22.747915
2021-03-18 17:00:00 20.462850 20.462850 22.991342
2021-03-17 17:00:00 33.997901 33.997901 23.138211
2021-03-16 17:00:00 17.588496 17.588496 22.978602
2021-03-15 17:00:00 43.708609 7.432432 23.260803

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 11.666667 11.666667 15.356943
2021-03-20 17:00:00 18.373494 10.843373 15.371739
2021-03-19 17:00:00 29.439252 16.355140 15.805785
2021-03-18 17:00:00 19.170984 19.170984 16.042144
2021-03-17 17:00:00 10.698690 21.585903 15.675672
2021-03-16 17:00:00 8.304498 8.304498 15.281499
2021-03-15 17:00:00 65.454545 65.454545 15.578785

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-21 17:00:00 29.159772 29.159772 32.366613
2021-03-20 17:00:00 25.061305 25.061305 31.812220
2021-03-19 17:00:00 47.603675 47.603675 32.032601
2021-03-18 17:00:00 28.028012 28.028012 32.059584
2021-03-17 17:00:00 36.328967 36.328967 32.074567
2021-03-16 17:00:00 28.162963 28.162963 31.939951
2021-03-15 17:00:00 26.791972 54.762663 32.454584

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 18.318630 18.318630 18.638237
Basilicata 19.459459 19.459459 20.533037
Calabria 16.043614 16.043614 12.993578
Campania 15.847999 15.847999 15.799893
Emilia-Romagna 48.170012 48.170012 44.761720
Friuli Venezia Giulia 20.554765 20.554765 21.742194
Lazio 9.871717 8.432488 8.261376
Liguria 17.949929 14.126394 12.488048
Lombardia 31.689360 31.689360 34.033139
Marche 24.196336 24.196336 22.066100
Molise 8.131241 8.131241 7.709392
P.A. Bolzano 43.930636 43.930636 52.748941
P.A. Trento 51.839465 51.839465 61.980298
Piemonte 28.923026 28.923026 24.163197
Puglia 48.342714 48.342714 31.939604
Sardegna 7.625650 4.766031 4.913219
Sicilia 13.904913 13.904913 13.571354
Toscana 13.677107 13.677107 12.312570
Umbria 23.089431 23.089431 22.970771
Valle d'Aosta 11.666667 11.666667 15.356943
Veneto 29.159772 29.159772 32.366613

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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